嘉庆八年六月之末，庆桂结束了浙江的调查之事，便即北上，阮元也因朝觐嘉庆之故，与孙星衍一路随庆桂北行。离开杭州之前，张承勋也再次找到阮元，向阮元告知杭州八旗入学之人日渐增多，但旗人乡试只能在北京应考，多有不便，希望阮元上报嘉庆，建议嘉庆恩准旗员一律在本地参加乡试，阮元也答应了他的请求。

然而这次阮元等人的北上之路，却是异常坎坷。坐船方才抵达淮安，距离黄河尚有约百里，突然之间，天上竟是大雨倾盆而下，一连两日都不能停歇。而淮安的河道之上，这时竟密密麻麻的堵上了数百条漕船，阮元等人坐船在后，全然不能动弹。而且看前面漕船模样，这些时日下来，竟动也没动得一下。

“你等都是这里主办漕运之人，那你们可知，这里究竟发生了什么？为什么我们的船都这许多日过来了，竟全然不能前行？我们入京朝觐误了时日，是你们担待得起的吗？”眼看漕船堵塞水道，北上或许要因此延误多日，庆桂也不免焦躁起来，忙唤了这里两名巡检过来，想着向他们问清其中缘故。

“这……请大人恕罪！”那两名巡检只是九品小官，这时见了庆桂这般京中大员，自是惊恐万状，只好支支吾吾的回答道“大人有所不知，今年夏初，黄河淤沙忽然大涨，河口顿时淤塞，已……已有一个多月了。又赶上这几日，暴雨下个不停，黄河积水，现在……现在已有不少倒灌进了运河，水道实在危险得很，所以……所以这许多漕船才停在这里，不敢北上……小人们误了大人行程，实在罪该万死！”

“行了，本官也定不了你们的罪！”庆桂怒道“那你这里河道、漕运总督，都干什么去了，河口淤沙，他们没有去挖吗？这里堤坝，他们就不能及时加固一下吗？！”

“回大人，漕……漕帅吉大人已经前往礼坝，在那里监修多日。河……河督吴大人也已经派了人手，前往黄河口挑挖淤沙，想来再过些时日，也就……也就……”两名巡检支支吾吾的答道。这时漕运总督正是当年在步军统领衙门帮助嘉庆铲除和珅的吉纶，南河总督则是吴璥，都是勤勉尽职之人，看来河道上能做的事，二人都已经尽力去做了。

“好了，你们先下去吧，也给本官传个信，告诉吉大人和吴大人，本官北上事小，漕粮北运可是国家根本大事！若是只一个月，皇上自可宽大为怀，但若是拖延时间长了，就不要怪本官没警告你们了！”庆桂自也清楚河道疏理绝非易事，是以只警告了两名巡检，便放了二人回去。一行人眼看水路被阻，又急着北上面圣，只好相继改作乘轿，绕过漕船前往黄河渡口。看着黄河之水竟成漫天之势，先前的堤岸，一半都被淹没不见，沿河上下，已成泽国，各人也不禁心中惊惧，可又不能违了皇命，只得找吉纶借了几艘还算稳固的大船，将一行人渡到了北岸。到了宿迁，雨势渐歇，方才换回船只。

这日行船即将到达济宁，阮元也知道孙星衍将要前往兖州赴任，便在舟中备了酒菜，准备和他道别。孙星衍与阮元共事四年，这时又怎能轻言离别？一时便也强打起精神，与阮元共饮了数杯。见阮元酒量本浅，多半不能再饮，忽然想起尚有些事未能告诉阮元，便道“伯元，今日这酒，咱就别再喝了。有几件事，我始终放心不下，还望离别之前，你能听我再唠叨几句才是。”