关于准噶尔，前面已经用了大量文字去说明康熙、雍正二朝的清廷对于他的征伐，有胜有负、有荣有辱。在经历过噶尔丹、策妄阿拉布坦、噶尔丹策凌三代领袖后，给了清廷很大麻烦。噶尔丹策凌在乾隆十年的时候去世，新疆的北部从此陷入了混乱的局面。噶尔丹策凌的嫡子被庶子所杀，庶子又被辉特部的部长阿睦尔撒纳所杀。
这个阿睦尔撒纳所扶持的是一个叫达瓦齐的，让他做准噶尔部的部长。开始不久后，乾隆十九年，二人闹僵，阿睦尔撒纳又率领若干部下闯入乾隆的领土，向乾隆投降。
乾隆对阿睦尔撒纳的投降很是开心，将他纳为亲王，并且想要利用他直捣准噶尔的根据地伊犁，替雍正雪耻，同时呢，也是想根除康熙以来的西北方威胁。他调集了五万兵、十四万匹马，派阿睦尔撒纳为“定边左副将军”、萨喇勒为“定边右副将军”，分成两路开向准噶尔。
阿睦尔撒纳的一支，从乌里雅苏台出发，由“定北将军”班第来节制；萨喇勒的一支则由巴里坤出发，归“定西将军”永常节制。两路的人马一起在乾隆二十年出发，所到之处势如破竹，处处受降，可谓是如入无人之境，双方在五月的时候就会师伊犁。
达瓦齐被迫无奈逃到新疆南部的乌什，被当地的回王捉走了，送给清军，意外收获的是，以前作乱的罗卜藏丹津也被捆了送过来，乾隆为了表示宽大，故意放走了罗卜藏丹津，免除一死。达瓦齐呢，更是被乾隆予以特赦，命他为御前侍卫，此后封为亲王，赏赐了住宅一处，把康熙帝的第三子允祉的孙女嫁给他为妻。
乾隆因为阿睦尔撒纳此次的功绩，封他为“双亲王”（亲王身份拿亲王双俸），但是为了防着点他，不给他准噶尔的地盘，更是不给他统驭四部的卫拉特的权力。
乾隆又封了一个准噶尔的“台吉”伯什阿克什作“准噶尔亲王”，也不让这个伯什阿克什统驭四部的权力。
乾隆的想法其实也算简单，就是当卫拉特四部各自为政，不相统属，只对清朝效忠。
但是没考虑到的是，阿睦尔撒纳在事实上已经占领了伊犁，并且还启用了噶尔丹策凌留下来的“准噶尔汗”的印章，俨然自己就是一个“准噶尔汗”了。到了六月的时候，更是直接摊牌了，索性退还了乾隆赏赐的“定边左副将军”之印，不再作为大清之臣。
乾隆见阿睦尔撒纳这样，索性也直接改准噶尔为绰罗斯（绰罗斯是准噶尔统治者的姓），还封了一个噶勒臧多尔济作绰罗斯汗。
辉特呢，阿睦尔撒纳自己的一个卫拉特，乾隆也另外封了一个巴雅尔作汗。
其他的两个卫拉特：和硕特以及杜尔伯特，也各自设立一个汗，沙克都尔曼济与车凌。
这样一来，就又回到了乾隆想要的环境了——四个卫拉特各自为政，互不统属。
到了这个时候，定西将军班第留驻伊犁对岸的尼楚衮，身边只有察哈尔兵的三百人左右，喀尔喀的二百人。那几万大军呢？他早就奏准乾隆，陆续予以撤退，乾隆这个时候却给了他一道密旨，让他捕杀阿睦尔撒纳。这个难度的任务，他现如今的情形当然是办不到的，阿睦尔撒纳早就已经去了杜尔伯特的领土了。他就带着几百士兵去和阿睦尔撒纳的部下作战，结果被围自杀。
定北将军永常呢，这个时候本来驻扎在穆垒，结果仓皇逃窜到巴里坤，请求参赞大臣策楞的保护。乾隆知道后，下令把永常逮捕，押解回京，结果永常在半道上就死了。他为人其实本无他错，只是胆小，乾隆非要让他去打仗，可谓死的冤枉。
永常死后，乾隆让策楞署理定西将军。这个策楞是满洲人，也是额亦都的后裔。因为额亦都是努尔哈赤的好朋友、知己、元勋，所以清朝也很优待他的子孙，哪怕是讷亲被乾隆用遏必隆的刀杀了后，讷亲的爵位还是由同样身为额亦都的后裔策楞来继承。但是乾隆不该的是，策楞做了公爵了，还让他作为将军去打仗。
好在策楞手下有很多蒙古骑兵，这些蒙古骑兵立马攻占了伊犁，逮捕了当地的一个“宰桑”克什木，这正好是当时围困住班第，逼得班第自杀的人。
乾隆升策楞为定西将军，让他活捉阿睦尔撒纳，结果阿睦尔撒纳这个是已经跑到了哈萨克（Kazakhstan）了，策楞毫无办法。连续很久都没有消息，乾隆就命人把策楞逮捕，在回京的路上，策楞被锁在木头笼子里，被准噶尔袭击，可怜这策楞就这样死于准噶尔的士兵手中。
策楞的定西将军，乾隆在五六月的时候，让达尔党阿继位，他也是额亦都的曾孙，但是他父亲是那个被雍正批驳“不臣不弟暴悍贪庸”的阿灵阿。
达尔党阿把军队开去了，与阿睦尔撒纳的五千骑兵战了两次，杀了骑兵九百多，还是让阿睦尔撒纳溜走了。乾隆大怒，收回了达尔党阿的双眼花翎，召他回京，夺走公爵，好在他还算幸运，没有再路上遇到准噶尔兵，也没有下狱论斩，只是发往热河做了个侍卫，后来还积功升至二等侍卫。
和达尔党阿一起被发往热河披甲的，还有“定边左副将军”哈达哈，他是另一开国元勋费英东的后裔，后来因为在新疆南部“作战不力”被乾隆赐自尽，但圣旨还未到，已经“力战”而死了。
再说到阿睦尔撒纳，他逃到哈萨克以后，在乾隆二十二年偷了哈萨克的若干马匹，抢掠绰罗斯一个台吉纳噶尔布的牧地。
雍正的时候，一位当过“山东巡抚”的兆惠，这个时候以“定边右副将军”的名义驻扎在济尔哈朗城（这个济尔哈朗城不一定是为了纪念那位郑亲王济尔哈朗的，多半是因为旁边有个济尔嘎朗河，因此得名）。兆惠听说阿睦尔撒纳入侵的消息，赶紧派兵去追，自己坐镇济尔哈朗城，以此来防备新疆南部的回族首领大小和卓。
乾隆接到报告后，大骂兆惠本末倒置，兆惠接到批示，只好带兵北上，向塔尔巴哈台进攻，阿睦尔撒纳早就又跑去了哈萨克，这次抓到的只不过是乾隆当初所封的辉特汗巴雅尔。
乾隆当初本来想把辉特部汗封给阿睦尔撒纳的，但是出于权衡考虑，就把他封给了巴雅尔。结果这个巴雅尔不仅不感激乾隆，反而对阿睦尔撒纳很是忠心，在阿睦尔撒纳叛清的时候，这个巴雅尔是第一个响应的。
第二个响应阿睦尔撒纳的，就是绰罗斯的汗噶勒臧多尔济。在乾隆二十二年正月，差点就把兆惠围困死了，但清军的援兵赶到，只好让兆惠逃走，他自己呢，被自己的一个侄子札纳噶尔布杀了。
阿睦尔撒纳从哈萨克回来，甚至抢掠牧地呢，多半是为了噶勒臧多尔济复仇，结果仇没有报好，还折损了辉特汗巴雅尔。
另外的两个卫拉特呢，最冤枉的可谓是和硕特汗沙克都尔曼济，他始终是效忠乾隆的，但是反而自己被巴里坤办事大臣雅尔哈善派兵连夜突袭，致使他本人和几千名士兵，皆死于非命。
善恶终有报，这个雅尔哈善后来因为围困小和卓的时候，让小和卓逃跑了，乾隆将他逮捕回京斩首。
四个卫拉特最为幸运的，要数杜尔伯特的车凌，乾隆始终都非常信任他，批准他率领部落，在乌兰固木“定牧”了下来。
再说到阿睦尔撒纳，再次逃亡哈萨克境内，兆惠追了过去，哈萨克的汗慌忙上表乾隆，表示称臣的意愿，并且请求觐见。
阿睦尔撒纳眼看在哈萨克也无法容身了，就要逃亡俄国的西伯利亚，乾隆向俄国要人，并且想根据《尼布楚条约》来引渡“逃人”，俄国一开始不予理会，乾隆好面子，准备开打，俄国慌了神，立马把阿睦尔撒纳的尸首送了过来，至于阿睦尔撒纳的死因呢，说是得了天花。
由于康熙、雍正两朝都没有解决掉准噶尔的问题，乾隆在这个时候冒了一个想法——屠！想要用这个原始且血腥的办法来根除问题。
乾隆吩咐兆惠，在伊犁与塔城一带，包括任何的城里城外，山沟水榭，只要是绰罗斯（准噶尔）和辉特部的人，不管是不是忠于清朝，不分是不是参与过反清的斗争，不分老少，不分男女，一律屠杀。这一杀，在当时可谓是血腥至极，对于扬州十日、嘉定三屠，可说是有过之而无不及。
后来，乾隆又让兆惠平定新疆南部（也称“回疆”），为了讨伐大小和卓的首领，也屠杀了不少回人，由此，回人对汉人和满人增加了不少仇恨。
