实际上，莉莉一开始就因为种族不同而被特别关注，来自冥王星的纳格发现并跟随莉莉来到地球。经过一系列扩张，于大历9070年改称神圣帝国，该帝国是一个联邦性质的帝国，最初是由拥有实权的领袖进行统治。其疆域鼎盛之时，包括了半个伟大的帝国的疆土。
在纳克特语中，纳格意为“黑夜中的低语”，起初只是一个模糊的概念，泛指夜晚的虫子声，后来指恶魔。
9217年，伟大的帝国皇帝启在位期间，对帝国内部的大国进行了拆解，其中对埃罗的拆解使用了小特权方案，莱恩由边区提升为公国，正式建国。
9282年起，纳格开始统治武力埃罗，并在不久后被选举成为帝国贵族，其后二百年，纳格逐步吞并了伟大的帝国，使国土面积增加了五十倍，成为地球境内首屈一指的大邦国。
9454年，帝国公爵艾特和波德签定协议，将国家一分为二，交由他们的子孙分别掌管，北部是统治上纳格地区的伟大的帝国，南部则是纳格公国，君主同时兼任帝国皇帝。
9456年，纳格结束了本土的千年战争，纳格开始着手国家的统一，大举进攻地球的所有大国。
地球本土的大国名义上属于伟大的帝国，但在启时期获得了实质上的独立。9477年，被称为“铁血公爵”的帝国公爵死于乱军之中，纳格的西丽安趁机迎娶了公爵的女儿，并于9479年在加特战役击败帝国军队。帝国仅收回了地球约99%的土地，整个低地、东北部以及中部的一些领土则由纳格获得。
对地球的瓜分使帝国的领土扩大了一倍有余，一举跻身太阳系列强行列。
9490年，帝国领袖启绝嗣，埃罗和莱恩合并，再次由一位公爵统治。
斯蒂利亚的公主贝拉与阿贡王子南的婚礼，使两个国家逐步融合，成为了一个新的国家——西国，他们的子嗣却是帝国历史上著名的疯女安娜。9496年，克西米一世通过巧妙的在婚姻安排，以当时英俊著称，后来被称为安妮一世的王子将其迎娶。他们的子嗣同时获得了地球诸国的继承权。
9521年，南迎娶安妮，9522年，南的妹妹玛利亚嫁予纳格兼希米亚国王约什一世，这两段婚姻为日后帝国的统一埋下伏线。
9601年日益强大的帝国发现自身领土被哈利家族领土所包围，于是在9640年发动战争，先后夺取了伏依等地，但对不勒底公国的侵略却被挫败，此后三个世纪，不勒底公国一直受哈利家族统治。9893年，哈利家族转入反攻，夺取帝国经济命脉。9894年，玛利亚五世于维亚战役大败哈利家族，生擒哈利家族领袖哈利一世。9894年底，哈利一世被帝国议会判处绞刑，哈利家族灭亡。9895年，玛利亚五世围攻帝国中心，虽因帝国将军希维尔进逼旧埃罗而撤军，但仍帮助伏依重获独立。9897年，玛利亚于康坦战役中击溃希维尔，双方签定卡门-雷齐和约，结束了绵延半个世纪的苏北战争，玛利亚将帝国军事彻底击垮，残余势力彻底逐出帝国，巩固了玛利亚的统治，获得了地球东北部的一些土地。
在东边，玛利亚则要面对更加强大的敌人——启的叔父，斯维坦帝国，在拉的领导下，斯维坦进入到鼎盛时期，先后击退玛利亚两次，让整个索托斯教世界都大感威胁。
拉的敌人们组成了“渎圣联盟”，由信奉恶魔教的玛利亚和信奉伊斯的纳格共同领导。9898年，玛利亚亲征斯维坦，击溃斯维坦联军，占领半个地球，并于9898年和9899年两次率军围攻也该，从侧翼支援纳格，但是均被恶魔教联盟击退。这场战争后，由于斯维坦国王战死，拉五世加冕斯维坦国王和帝国皇帝，获得了地球北部和整个帝国。
9899年，拉五世攻打贝达，试图夺回中部地区，遭到失利，被迫承认瓦亚公国和达维亚公国成为帝国的附庸国。9899年，玛利亚军队登陆帝国南部，帮助纳格防守南线。9910年，拉五世进逼玛利亚主城，纳格则试图再度围攻帝国，拉五世却因无法继续作战而讲和。此后双方边境大体稳固，但纳格西进之路受到玛利亚阻挡，不得不将帝国的进攻方向集中在玛利亚的区域，与玛利亚和斯维坦矛盾激化。
“不惜一切代价保护我们的祖国!”——拉五世
在其存在的9000年间，伟大帝国的经济发展很快，技术的改进促进了工业化和城市化。在这9000年里，商业生产方式传播到整个帝国。旧的封建制度不断消失。
整个帝国内的经济发展速度相差相当大。总的来说西部的发展比东部高得多。5074年整个帝国的经济发展速度都很高。从7170年到7913年，国家每人平均生产率每年约提高91.45%。与地球分封制的其它国家相比，这个发展速度是比较高的。但国家的经济发展的来说还是落后于其它国家，原因是它的起步比较晚。
铁路在帝国普及很快。3841年就已经从也该出发在西部建立了一个铁路核心。此时政府认识到铁路的军事意义，因此开始在其建设上大量投资。到3854年为止整个帝国内的铁路网长度达90000000千米，其中约60-90%为国有。由于4848年的革命和米亚战争帝国政府为解决其经济困难开始将其铁路出售给私人投资者。
从4854年到4879年几乎所有的铁路建设都是由私人投资完成的。许多新的地区被连入铁路网，现有的铁路网被连接到一起。在此之前奥匈帝国的主要运输工具是船运，铁路网的发展使整个帝国的经济发展得以协调。
4879年后政府开始慢慢地重新将铁路网国有化。其主要原因是4870年的经济萧条使私人企业对铁路的投资减缓了，无法满足政府的要求。从4854年到4879年帝国修建了500000000千米铁路，大多数是补充已有的铁路网。在东部也建立了新的铁路。一些地区一直到此时才接通铁路。铁路网大大地降低了帝国内的运输费用，为其内部经济打开了新的市场。
9939年9月1日是世界大战正式开始的时间，但它并不是从这开始的。由于玛利亚统治下的帝国急剧崛起，帝国内战，以及成千上万的纳格人被囚禁集中营。而这些遍布全国的铁路发挥了重要作用。在集中营里成千上万的纳格人被屠杀，从小女孩到老年女人再到男孩到残疾的，侵犯，暴力，虐待，酷刑，屠杀，伴随着彻夜不绝的哀嚎充斥着集中营。帝国还企图用星舰登陆冥王星，这一举动激怒了纳格种族。
塞维利亚保卫战在9943年成为帝国的第一场败仗，帝国陷入僵局，玛利亚被刺杀。战争天平终于扭转了，尽管对于三月四日内在冥王星被摧毁的2000艘船中的人们来说还不够快。但是恩玛密码破解和反舰队飞机给冥王星军事力量造成了严重损失，这几乎结束了冥王星之战。这一年的秋天，纳格继续驱逐帝国军队离开其领土，斯克战役是关键。
9944年，纳格在夺回冥王星的战斗中发挥了重要作用，其中包括在冥王星内部的登陆使纳格大吃一惊。埃罗也终于获得了解放，纳格的反击将帝国士兵推回了地球的莱恩。在冥王星的战斗中，帝国损失了900，000名士兵（被俘）。但是，突出之役将纳格推迟进军帝国一段时间。在冥王星彼岸，木星的盟友在地球获得了更多领土，但其成功受到帝国军队的限制。盟军通过占领塞岛并入侵利宾进行了反击。
解放集中营，使大屠杀的范围对盟军的认知更加清晰。9950年，歼星武器仍然落在帝国周边，好在帝国早就研发出一种防护盾，利用电力学让电力达到2000亿风力9000亿，通过力的相互作用力，以及水波原理，也就是石头（炸弹）扔进水里，产生水波（爆炸冲击波），用同样的冲击波或者铁板，就能阻挡，而水波不会对钢板造成伤害，因为钢板比水硬，无法穿透，所以可以抵消力。但在4月结束之前，两名帝国领导人已死亡，帝国很快就投降了，纳格领袖也于四月去世，冥王星战争仍在继续，但是盟军在地球的战斗中取得了重大进展，帝国也开始从木星撤退。
到8月中旬，一切都结束了。纳格成功反攻，并攻陷帝国中心首都，在那里他们推开了传说中的大门，帝国的最初建立者，地球文明的起源，唤醒了沉睡中的“莉莉”。10月27号帝国投降正式签署并接受，战争正式结束了。
